Las constantes modificaciones al proyecto del Tren Maya han ocasionado que la obra presente un sobrecosto de por lo menos 43% con respecto a la estimación inicial y la cuenta sigue incrementando.
En octubre de 2021, Fonatur reportó al Senado que el costo inicial de la obra era de 140 mil millones de pesos; no obstante, ya ascendió a 200 mil millones de pesos.
Asimismo, a pesar de la promesa del presidente Andrés Manuel López Obrador de que con el proyecto no se iba a derribar «ni un árbol», las labores obligaron a talar miles de ellos, cercanos a zonas urbanas.
De igual modo, es preciso señalar que los principales costos asociados a la ejecución del Tren Maya corresponden a la «superestructura de vía», así como a la compra de sistemas de telecomunicaciones, material rodante (locomotoras y carros de pasajeros) y construcción de estaciones.
